菌种制备和发酵是生产酸奶的关键技术。在发酵过程中，由乳酸菌纯培养物制成的生产发酵剂在42～45℃的环境中进行发酵，这是保加利亚乳杆菌和嗜热链球菌混合后的最适生长温度。接种量、发酵剂活性、培养温度是生产中最需要注意的三个因素。
在家庭环境中自制酸奶，首先无法保证严格的杀菌条件，即使将牛奶煮沸，把制备酸奶的相关器皿全部在开水中消毒，也很容易在操作过程中受到其他杂菌的污染；其次如果不利用恒温容器，酸奶也不能一直处在42～45℃的环境中发酵。
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